Od 01.01.2007 vznikajú na MTF STU ústavy. Dňa 31.10.2006 sa konalo výberové konanie, na základe ktorého s účinnosťou od 01.01.2007 budú dekanom fakulty menovaní riaditelia ústavov:
1. ÚSTAV MATERIÁLOV - UMriaditeľ prof. Ing. Jozef Janovec, DrSc.
2. ÚSTAV PRIEMYSELNÝCH TECHNOLÓGIÍ - UPTEriaditeľ prof. Ing. Koloman Ulrich, PhD.
3. ÚSTAV MECHANIKY A TECHNOLOGICKÝCH SYSTÉMOV - UMTSriaditeľ prof. Ing. Karol Velíšek, PhD.
4. ÚSTAV PRIEMYSELNÉHO INŽINIERSTVA, MANAŽMENTU A KVALITY - UPMKriaditeľ doc. Ing. Miloš Čambál, PhD.
5. ÚSTAV BEZPEČNOSTNÉHO A ENVIRONMENTÁLNEHO INŽINIERSTVA - UBEIriaditeľ prof. Ing. Karol Balog, PhD.
6. ÚSTAV MATEMATIKY, AUTOMATIZÁCIE A INFORMATIKY - UMAIriaditeľ doc. Ing. Peter Schreiber, PhD.
7. ÚSTAV INŽ. PEDAGOGIKY A HUMANITNÝCH VIED - UPHVriaditeľ doc. Ing. Roman Hrmo, PhD.
Od 01.01.2007 vzniknú na MTF STU 4 administratívne odbory. Dňa 31.10.2006 sa konalo výberové konanie, na základe ktorého s účinnosťou od 01.01.2007 budú dekanom fakulty menovaní vedúci odborov:
