Laboratórium je špecializované na stanovenie zloženia, vlastností a kontaminácie vôd, pôd a dnových sedimentov. Jedná sa o vybrané fyzikálno-chemické analytické skúšky vrátane vzorkovacích prác podľa príslušných noriem a záväzných metód. Laboratórne skúšky a analýzy sa týkajú materiálov: vody (pitné, povrchové, podzemné, minerálne, stolové a liečivé, bazénové, odpadové), kaly, pôdy, zeminy a horniny, vybrané priemyselné výrobky a chemické látky, biomasa. V laboratóriu sa využívajú najmä analytické metódy realizované na prístrojoch – spektrofotometri Thermospectronic Genesys 8, fotometeri pre stanovenie nutrientov HANNA HI 83215, fotometri MERCK s reaktorom pre stanovenie chemickej spotreby kyslíka, viacerých stolových a prenosných konduktometrov a pH metrov, vrátane iónovoselektívnych elektród, prenosný refraktometer, polarimeter, mikroskop s videovýstupom a. i.